En Canarias, la administración de los puerto la llevaba el Cabildo, es decir, única autoridad establecida en la Isla desde 1497 que tenía la obligación de realizar las obras, protegerlo militarmente y hacer respetar las leyes. Como en 1526 los gastos eran muy superiores a los recursos que disponía esta Entidad, envió dos mensajeros a la Corte con la petición de que «En el Puerto de Santa Cruz, que es el Puerto Principal, donde hay mayor carga y descarga, hay mucha necesidad de hacer un muelle para reparo y cargazón de los navíos que van a las Indias».
En 1567, Felipe II acordó que la financiación del muelle se hiciera con los fondos de la hacienda Real pero, ni la ubicación ni las obras que se llevaron a cabo fueron las adecuadas pues los trabajos que se efectuaban eran destrozados por los temporales hasta que el del año 1600 lo demolió por completo. A partir de entonces, las operaciones portuarias se efectuaron, durante más de una centuria, por la caleta de Blas Díaz, conocida más tarde como la caleta de la Aduana, por haberse edificado allí dicho edificio.
En 1723, cuando los Comandantes Generales desplazaron al Cabildo de la administración del Puerto, Lorenzo Fernández de Villavicencio, Marqués de Valhermoso, logró traer a Santa Cruz todo el tráfico portuario de Garachico, inutilizado por la erupción del volcán Arenas Negras (1706), implantó la exclusividad del comercio con el exterior, de manera que ningún velero podía recalar en puerto insular alguno sin antes haberlo hecho en el de Santa Cruz y, para darle más categoría a este Puerto y Lugar, trasladó su residencia desde La Laguna al castillo de San Cristóbal.
Cuando en 1748, el Rey Carlos III ordena que los puertos deben construirse a costa de los arbitrios y caudales públicos de carácter local, el comandante general Juan de Urbina, con el fin de impulsar los trabajos del nuevo muelle que se iba a realizar, estableció contribuciones a los comercios, a la exportación de pipas de vino, a los barcos procedentes de América, a los barcos de cabotaje que cubrían el tráfico insular, a las lanchas, entre otros.
En 1786 se estableció en Tenerife el Real Consulado de Mar y Tierra de Canarias, una institución política, de corte ilustrado y progresista, con un importante papel en el desarrollo de la economía local. Sus recursos procedían del gravamen del 0,5%, que se aplicaba a los productos que salían o entraban al muelle y que luego se utilizaban en las reparaciones que el Puerto necesitaba.
Al suprimirse el citado Consulado (1830), la gestión administrativa del Puerto la llevó la Junta de Comercio que, al darse cuenta de que el muelle era insuficiente para la afluencia de buques, encargó al ingeniero civil Pedro Maffiotte que estudiara los sistemas de construcción en los puertos del Sur de Francia y Argel, consistentes en formar una escollera segura a base de prismas de cemento, el primero fue arrojado al mar el 10 de febrero de 1847.
Al recibir el título de Puerto y Depósito de Primera Categoría, se potenciaría la actividad del puerto tinerfeño, convirtiéndose en el principal eje económico de la isla de Tenerife
En el citado año, cuando la administración de todos los puertos españoles pasó a la Dirección de Obras Públicas y el ingeniero tinerfeño Francisco Clavijo y Plo fue designado Delegado Provincial, formuló un proyecto de muelle en el que pudieran atracar 20 barcos; para ello, a la obra primitiva (137,5 metros) le añadió un codo (88,5 metros) que facilitaba la formación de un ángulo hacia el NE y un trozo de 76,85 metrios con los que el muelle Sur comenzaba a tomar la dirección E.NE.
La Real Orden de 3 de julio de 1852, reconociéndolo como Puerto de Interés General, daría lugar a que se dispusiera de una autonomía que nunca antes había conocido pues implicaba que la construcción, conservación, recaudación, explotación y administración correría a cargo del Estado.
Además, ocho días más tarde, José Murphy y Meade lograría que en Madrid se aprobara la Ley de Puerto Franco, un instrumento de prosperidad que posibilitaría en gran medida el desarrollo portuario. La Junta de Obras del Puerto, constituida en el Gobierno Civil de Santa Cruz de Tenerife el 29 de noviembre de 1907, sería presidida por Manuel de Cámara y Cruz.
Comenzó a realizar su labor con un presupuesto de 100.000 pesetas, recibidas del Estado, más 170.310 pesetas de los ingresos obtenidos por los alquileres de la pescadería, el tinglado que hacía de estación del tranvía, las casetas de las compañías fruteras, transporte, agencias de aduanas, y el canon que pagaban los depósitos de carbón, los varaderos, entre otros.
Su primera oficina la instalaron en la calle La Rosa, 3, esquina Santa Rosalía, pero, con el fin de buscar mayor amplitud y estar cerca de las instalaciones portuarias, pronto se trasladaron a la calle La Marina nº 12, donde permanecieron hasta el 19 de noviembre de 1959, en que se inauguró el actual edificio de la avenida Francisco La Roche, 49.
Por la Ley de Puertos de 1928 pasa a denominarse Junta de Obras del Puerto. Cuarenta años más tarde se suprime la palabra “Obras” y pasa a llamarse Junta del Puerto de Santa Cruz de Tenerife; pero, como el 23 de diciembre de 1988 se integraron los puertos de Santa Cruz de La Palma, San Sebastián de la Gomera, La Estaca y Los Cristianos, hubo que realizar otra modificación, pasando a llamarse Puertos del Estado en Santa Cruz de Tenerife. Por último, la Ley de Puertos de 24 de noviembre de 1992 la designa como Autoridad Portuaria.
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